L'origine del casale, rimane molto dubbia e può pensarsi solo in funzione di quella antica Via Sallentina che passava nei suoi pressi. Il toponimo potrebbe essere di origine patronimica, in quanto si ritrova nei Liber Baptizatontm del 1584 come cognome di qualche famiglia. Il Foscarini ci parla di Modúnato come casale già esistente nel XIII secolo quando esso viene ristrutturato da un certo Nicolò Adimari.
Nel corso del XIII secolo appartenne alla famiglia D'Aquino, conti di Acerra. Successivamente, nel 13 03 fu dato a Coletta di Belloloco, riconfermata nei possedimenti da Filippo, principe di Taranto, come dono di nozze.
Intorno alla seconda metà del XIV secolo il casale si avvia al rapido spopolamento per motivi a noi ignoti. Sotto gli aragonesi, nei primi del secolo XVI, Ferdinando II affidò il feudo di Modonato al marchese di Oria Roberto Bonifacio. Succeduto il figlio Bernardino, questi lo ingrandì dei territori circostanti masseria Frassanito. Tra il 1562 e il 1567 il feudo fu proprietà di S. Carlo Borromeo . Sotto i Romano, signori di Avetrana, il suffeudo di Modonato fu concesso agli Imperiale nella persona di Michele III. Rimasto disabitato per molto tempo il casale fu fatto ripopolare nel 1656 su "supplicca" del Marchese di Oria (lo stesso Michele III Imperiale) da famiglie di greci provenienti dall' isola di Phanò posta a nord di Corfú e vicinissima alle coste pugliesi.
Riteniamo, a causa di queste presenze greche e dell'antichità del luogo, la estrema ricchezza di materiale archeologico medievale che potrebbe fornire il sito se si attivassero interventi mirati alla valorizzazione del territorio. La stessa cappella ivi esistente, mai archeologicamente esplorata, sappiamo essere stata sede di riti greco-ortodossi.