La cripta della Favana è situata nell'ex Convento dei Frati Minori Conventuali. Questo fu istituito nel 1579 per interessamento dell'Università di Veglie e con il beneplacito dell'Arcivescovo di Brindisi Bernardino de Figueroa.
La struttura originaria risale aI 1400, comprende, oltre alla cripta, una chiesa sub divo dedicata a Santa Maria di Veglie, la cui immagine affrescata di stile bizantino era venerata dai fedeli contro il grave male del favismo; perciò il complesso cultuale fu titolato Madonna della Favana.
Una ristrutturazione radicale fu eseguita nel 1651 dall'architetto fra Tommaso da Cipro. Nel 1700 la Comunità francescana ebbe un grande sviluppo tale da essere considerata tra le più importanti della provincia francescana di S. Nicola.
Soppresso nel 1809, fu riaperto neI 1837 con relativo seminario serafico guidato dal vegliese padre Carmelo Frassanito, ministro provinciale. Nuovamente soppresso nel periodo dell'unità d'Italia, fu condannato ad un lento degrado.

cripta della Favana

Nell'area del convento vi è, appunto, la Cripta della Favana, il più noto monumento vegliese.
Vi si accede lateralmente attraverso una dròmos in cui è stata ricavata una scala di tredici scalini.
Ha un'unica navata con una piccola abside orientata, non precisamente, ad est, secondo un preciso schema liturgico, rivolta cioè a "Oriente luogo della luce nascente in contrapposizione all'Occidente, luogo delle tenebre".
Presenta una forma architettonica arcaica di origine greco-orientale, comune nei secc. IX - XI. Essa aveva una rilevante funzione cultuale per la diversità di figure affrescate, risalenti ai secc. XIV - XV, raffiguranti Santi sia di culto latino (SS. Trinità, S. Francesco d'Assisi e Sant'Antonio di Padova) che di culto greco (S. Michele Arcangelo, Santo Stefano, Sant'Andrea e Sant'Antonio Abate). Interessante appare il soffitto con l'immagine del Cristo Panteocratico e, sulle pareti, una Madonna col Bambino e una Madonna Allattante. Nella cripta è presente inoltre, la più antica immagine vegliese del protettore S. Giovanni Battista.